棉花种子具有坚厚的种皮和兴隆的胚、种子腹面的一条纵沟为种脐，种子尖端局部为脐的突起。
种皮为黑涩，种皮上的毛状物是表皮毛，又称棉纤维。
棉纤维有长短之分，长纤维正在轧花时轧下，供纺织之用，留正在种皮上的棉绒为短纤维。
剥开种皮，有一层乳皂膜状的胚乳遗迹紧贴正在种皮内，其内为胚，胚由子叶、胚芽、胚轴和胚根构成。
子叶十分兴隆，呈合叠状，困绕正在胚芽、胚根、胚轴的外围，子叶两面有黑涩的小点称油腺，胚根较修长，胚轴较短，胚芽很小。
